โรงเรียนห้วยน้ำขุ่นวิทยา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงรายเขต 2 ก่อตั้งเมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2513 โดยนายเลาจาง วู่จาง ใช้เงินบริจาคของชาวบ้านเปิดทำการสอนภาษาจีน
วันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ.2521 ได้รับอนุญาตให้ก่อตั้งโรงเรียนอย่างเป็นทางการชื่อว่า “โรงเรียนบ้านแม่น้ำขุ่น” สังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดเชียงราย พร้อมแต่งตั้ง นายปอน โฮชิน ดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก เมื่อวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ.2550 โรงเรียนได้รับการอนุมัติจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนห้วยน้ำขุ่นวิทยา” ให้สอดคล้องกับชื่อหมู่บ้านที่ตั้งโรงเรียน และหน่วยงานองค์กรต่าง ๆ ที่ตั้งอยู่ในพื้นที่
โรงเรียนห้วยน้ำขุ่นวิทยาตั้งอยู่เลขที่ 16 หมู่ที่ 16 ตำบลท่าก๊อ อำเภอแม่สรวย จังหวัดเชียงราย
บนพื้นที่ 8 ไร่ 1 งาน 86 ตารางวา และได้วิวัฒน์พัฒนาเจริญก้าวหน้ามาอย่างต่อเนื่อง มีลักษณะภูมิประเทศ
ตั้งอยู่บนดอยสูงชัน สูงกว่าระดับน้ำทะเล 1,110 เมตร สภาพภูมิอากาศหนาวเย็นตลอดทั้งปี มีหมู่บ้านในเขตบริการทั้งหมด
ทั้งหมด 6 หมู่บ้าน คือ บ้านลอจอ บ้านดอยงาม บ้านพนาเสรี บ้านห้วยน้ำขุ่น บ้านห้วยชมพู และบ้านใหม่จะคะ